Aunque hasta el momento no se ha podido precisar con exactitud la fecha de fundación de la Hermandad, su establecimiento se ha venido constatando en los primeros años del siglo XVII, motivado por la existencia de un buleto fechado en 1631 mediante el cual, S.S. Urbano VIII concede ciertos privilegios e indulgencias a los hermanos y cofrades de Nuestro Padre Jesús Nazareno que cumpliesen la Regla de la Cofradía, establecida en la Parroquial de San Miguel Arcángel.

El Rector de la Hermandad, don Bartolomé García, convino con el Mayordomo de Fábrica de las iglesias de la villa la cesión de unos terrenos en torno a la capilla del Bautismo para edificar la capilla del divino Nazareno a cambio de un censo anual ascendente, estimándose en la cantidad de doscientos ducados de principal y diez de reedito anualmente. La cesión de la aludida capilla del Bautismo y terreno colindante tuvo lugar el 18 de abril de 1635, inaugurándose el 31 de agosto de ese mismo referido año, tras una profunda restauración, consistente en el levantamiento de sus paredes, enmaderado de la techumbre y cercamiento del recinto. También se construyó una cripta destinada al enterramiento de los hermanos y se edificó una pequeña sacristía.

Esta renta que hemos referido, quedó reducida posteriormente a cambio del compromiso contraído por la Hermandad de construir en el altar de la capilla, un Sagrario con su comulgatorio ya que el existente en el altar mayor se encontraba en avanzado estado de deterioro.

Presidía en una hornacina del retablo, de madera dorada, la Imagen de Nuestro Padre Jesús Nazareno, mientras que la de la Santísima Virgen y la de San Juan Evangelista recibían culto en unos nichos, obrados en las paredes laterales del recinto.

A partir del siglo XVIII se inicia un periodo de esplendor para la cofradía, coincidiendo con la incorporación de personas y familias ilustres residentes en la villa, lo que posibilitó una remodelación total de la capilla.

En torno a 1718 se habían iniciado las obras, consistentes en el levantamiento de una cúpula de grandes dimensiones y un espacioso camerín, a la espalda del retablo, para ubicar la imagen del Sagrado Titular, con acceso por la propia capilla.

Por estas fechas se construyó el retablo que actualmente se conserva, atribuido por algunos historiadores a Jerónimo Balbás, dorado posteriormente bajo la dirección del maestro dorador Miguel Carreño, vecino de la villa de Arahal, trabajo que, según las condiciones pactadas, tendría su total terminación, con buen oro de la ciudad de Córdoba, antes del Domingo de Ramos de 1757.

Desde su fundación y hasta los primeros años del siglo XVII se señalaba la hora de salida para la procesión del Viernes Santo, según acuerdo tomado en el Cabildo General de Hermanos, en torno a las dos o las tres de la mañana, generalmente. A partir de 1718 el horario quedaba sujeto a la señalización que dispusiese el Vicario de la villa, pasando desde 1780 a las cinco de la mañana, horario que se mantuvo hasta bien entrado el pasado siglo XX, en que se fijó las seis de la mañana para la salida de la cofradía, coincidiendo con el cambio de la puerta por la que salía la procesión, pues era tradicional, hasta entonces el efectuarlo por la puerta de la nave del Evangelio, transcurriendo la procesión por el callejón del patio interior y el arco de acceso al recinto parroquial situado en la calle Carreño.

La prohibición de llevar el rostro cubierto, junto a otras disposiciones de las autoridades civiles, motivó un relajamiento en cuanto a la participación de hermanos en la Estación Penitencial, por lo que los cofrades, reunidos en cabildo acordaron elevar un escrito al Consejo de Castilla, fechado el 15 de Abril de 1781, solicitando una concesión especial para seguir llevando el rostro cubierto en la procesión penitencial, a tenor de que algunas cofradías sevillanas lo habían concedido, pero en este caso la petición fue denegada, instándose a la Hermandad a la inmediata elaboración de nuevas reglas, a tenor de las normativas promulgadas, debiéndose regir conforme a las autoridades eclesiásticas y civiles.

Las nuevas reglas fueron aprobadas por el Real Consejo el 20 de Julio de 1797, anteponiéndose a las demás hermandades establecidas en Marchena. Esto motivó la preeminencia de la Hermandad de Nuestro Padre Jesús sobre las demás hermandades en las procesiones generales del Corpus y de la Letanía, principalmente.

En 1824, por Breve pontificio otorgado por el Papa León XII, la Hermandad de Nuestro Padre Jesús queda afiliada a la Primitiva Cofradía de los Nazarenos de Sevilla, establecida en la Real Iglesia de San Antonio Abad.